SARS-CoV-2

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
(перенаправлено с «2019-nCoV»)
Перейти к навигации Перейти к поиску
SARS-CoV-2
2019-nCoV-CDC-23312.png
Научная классификация
Международное научное название

SARS-CoV-2

Синонимы
  • 2019-nCoV
Группа по Балтимору

IV: (+)оцРНК-вирусы

SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)[2], ранее 2019-nCoV (англ. 2019 novel coronavirus, также Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus[3][4]) — новый штамм коронавирусов, выявленный в конце 2019 года во время вспышки пневмонии в Ухане 2019—2020 годов, вызывающий опасное инфекционное заболевание — COVID-19. Представляет собой одноцепочечный РНК-содержащий вирус[5][6].

Потенциальная угроза общественному здоровью, которую представляет COVID-19, высока в глобальном масштабе[7]. В некоторых случаях он может вызвать острый респираторный синдром[8], тяжёлые случаи которого могут осложняться пневмонией или дыхательной недостаточностью с риском смерти[9][10]. Против болезни пока отсутствуют какие-либо специфические противовирусные средства лечения или профилактики[11]. В тяжёлых случаях применяются средства для поддержания функций жизненно-важных органов[12].

30 января Всемирная организация здравоохранения объявила вспышку эпидемии, связанную с 2019-nCoV, чрезвычайной ситуацией в области здравоохранения международного значения[13]. Всемирная организация здравоохранения также сообщает о переизбытке информации, включающем как точную, так и недостоверную, из-за чего людям сложно найти достоверные источники и надёжные руководства[14]. ВОЗ не стала объявлять пандемию, поскольку практически все случаи заболевания — в Китае[15].

Общие сведения

По оценке ВОЗ инкубационный период может составлять 14 дней. Пока недостаточно данных для определения периода, в течение которого больные являются заразными, в частности пока нельзя сказать, может ли распространяться инфекция в случае её бессимптомного течения[16]. По данным Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний (англ.) на 31 января инкубационный период составляет от 3 до 7 дней, но может длиться вплоть до 14, однако данные также пока неточные и могут измениться[17]. Однако, 11-12 февраля Национальная Комиссия Здравоохранения КНР сообщила о единственном случае с инкубационным периодом в 24 дня. [18]

Срок в 14 дней можно считать достаточным сроком для мониторинга и отслеживания предшествующих контактов в случае обнаружения заболевшего[19]. На стадии инкубационного периода выявление заболевших тепловизорами неэффективно[20].

По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний США предполагается, что передача инфекции происходит воздушно-капельным путём, но неизвестно, может ли она происходить через прикосновения к предметам или поверхностях, на которых есть вирус, с последующим прикосновениям к рту, носу или глазам[21]. Однако в клинических рекомендациях Министерства здравоохранения Российской Федерации уже заявили, что передаётся как воздушно-капельным (при кашле, чихании и разговоре) и воздушно-пылевым путями, так и контактным[22].

Согласно известным данным о коронавирусах, они не способны долго выживать на различных объектах. В частности, нет какого-либо риска заражения при получении посылок или писем из Китая[11].

История изучения

Штамм SARS-CoV-2 впервые обнаружен в декабре 2019 года в результате анализа нуклеиновой кислоты у пациента с пневмонией во время вспышки пневмонии в Ухане 2019—2020 годов[23].

31 декабря 2019 года Всемирная организация здравоохранения была оповещена о нескольких случаях вирусной пневмонии, вызванной неизвестным патогеном. 7 января 2020 года информация о новом вирусе была подтверждена, а сам вирус был отнесён к коронавирусам[24]. Геном вируса первыми полностью расшифровали службы здравоохранения Китая[8], 10 января его сделали публично доступным[25]. До 12 января 5 геномов были зарегистрированы в базе данных GenBank[26][27], к 26 января их количество выросло до 28[28]. За исключением самого раннего генома, геномы находятся под эмбарго в GISAID. Филогенетический анализ доступен через Nextrain[29]. 20 января 2020 года в китайской провинции Гуандун была подтверждена передача вируса от человека к человеку[30].

Коронавирусы, к которым относится 2019-nCoV, обычно вызывают простуду, но к этому же семейству относятся опасные вирусы SARS-CoV и MERS-CoV, вызывающие тяжёлый острый респираторный синдром и ближневосточный респираторный синдром соответственно[24]. Коронавирусная инфекция является зооантропонозной, то есть возможна передача от животных к человеку. Выяснено, что источником SARS-CoV были циветы, а MERS-CoV — одногорбые верблюды[31]. Возможно, что и в случае 2019-nCoV источником инфекции являются животные — генетический анализ вируса выявил схожесть с коронавирусами, распространёнными среди подковоносых летучих мышей, однако пока достоверно не известно, являются ли они изначальным источником инфекции. Сейчас же основным способом распространения вируса является передача от человека к человеку[32][⇨].

Учёные из разных стран проанализировали геном вируса и подтверждают тот факт, что вирус имеет естественное природное происхождение. Различные же теории заговоров создают атмосферу страха, слухи и предрассудки, подобные теории осуждаются научным сообществом. Вместе с генеральным директором ВОЗ учёные призывают продвигать научные доказательства вместо дезинформации[33].

Эпидемиология

Репродуктивное число (англ.) по данным Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний оценивается между 2 и 3, что соответствует количеству людей, которые заражаются от одного инфицированного[17], одно из исследований оценило среднее значение по состоянию на 22 января в 2.2[34]. Другое ранее проведённое исследование показывало диапазон 3,3—5,47[35]. В общем случае, значения данного числа, большие 1, означают, что эпидемия будет распространяться, а уменьшить число помогают меры противодействия распространению инфекции[34].

Распространение вируса

Основная статья: Вспышка COVID-19
Карта распространения вируса на 19 февраля. Красный — подтверждённые случаи, синий — подозреваемые случаи.

На 20 февраля 2020 года зарегистрировано 75 727 случаев заражения, из которых 74 578 зарегистрированы в материковом Китае. Умерло 2 129 человек, 16 526 — выздоровели[36].

За пределами Китая подтверждённые случаи заражения наблюдаются у тех людей, которые либо были в Ухане недавно, либо были в непосредственном контакте с кем-то, кто путешествовал в Китай[25]. Центром вспышки заболеваемости всё ещё является Ухань[37].

На территории России подтверждено два случая заражения коронавирусом, в обоих случаях — граждане КНР[38]. По сообщениям СМИ от 12 февраля 2020, в России вылечился последний заражённый. [39]

Инфекция

Инфекция может протекать как в форме лёгкой острой респираторной вирусной инфекции[40], так и в тяжёлой форме[41]. Осложнения тяжёлых случаев могут включать пневмонию или дыхательную недостаточность с риском смерти[42][43].

Вирусология

Предполагаемая организация генома коронавируса 2019-nCoV
Предполагаемая организация генома коронавируса 2019-nCoV

Последовательности бетакоронавируса[en] обнаруживают сходство с бетакоронавирусами, выявленными у летучих мышей из Китая. Однако вирус генетически отличается от других коронавирусов, которые вызывают[44]:

2019-nCoV, как и SARS-CoV, является членом линии Beta-CoV B[44]. По состоянию на 27 января выделено 26 геномов вируса 2019-nCoV, в котором уже заметны тенденции к эволюционированию. Как минимум 7 мутаций относятся к одному предку[45].

Длина РНК-последовательности коронавируса составляет около 30 000 нуклеотидов.

РНК варианта Wuhan-Hu-1[26] (номер GenBank MN908947, RefCeq NC_045512[28]) 2019-nCoV содержит 29 903 нуклеотида с нетранслируемыми участками длиной 281 и 325 нуклеотидов. Предполагаемые кодирующие области распределены по 10 белкам.

Модель поперечного сечения 2019-nCoV

Генетически вирус на 80 % идентичен SARS-CoV[46].

Структурная биология

Белковое моделирование, осуществлённое на основе расшифрованного генома вируса, показало, что рецептор-связывающий S-белок вируса может иметь достаточно высокую аффинность к белку человека ангиотензинпревращающий фермент 2 (АПФ2) и использовать его как точку входа в клетку[47]. В конце января 2020 года две группы в Китае и США независимо друг от друга экспериментально показали, что именно АПФ2 является рецептором для вируса 2019-nCoV[48][49][50], так же как и для вируса SARS-CoV[51].

Патогенез

Поскольку лишь у редких пациентов наблюдаются симптомы инфекции верхних дыхательных путей, можно предположить, что репликация вируса происходит преимущественно в нижних дыхательных путях[52]. В клетки вирус попадает через рецепторы АПФ2[47]. После заражения вирус распространяется через слизь по дыхательным путям, вызывая большой выброс цитокинов и иммунный ответ в организме. При этом наблюдается снижение количества лимфоцитов в крови, в частности Т-лимфоцитов. Некоторые исследования предполагают, что на борьбу с вирусом расходуется слишком большое количество лимфоцитов. Снижение их количества также снижает защитные способности иммунитета и может приводить к обострению заболевания[53].

Источник вируса

22 января 2020 года медицинский журнал «Journal of Medical Virologyruen» опубликовал исследование китайских учёных, в котором пять геномов вируса 2019-nCoV сопоставили с 276 известными геномными последовательностями коронавирусов, поражающих людей и различных животных. По мнению учёных, построенное филогенетическое древо коронавирусов показывает, что новые вирусы появились ориентировочно два года назад от одного общего предка, путём гомологичной рекомбинации между коронавирусом летучей мыши и, возможно, коронавирусом китайских змей — южнокитайского многополосного крайта или китайской кобры (обе разновидности змей продавались на рынке в Ухане в качестве экзотической пищи[en])[54][55].

Однако ряд исследователей в статье, опубликованной в журнале Nature, оспаривает подобный вывод китайских учёных[56][57] и утверждает, что, с их точки зрения, маловероятно, что в качестве источника заражения могли выступить змеи, где наиболее вероятными кандидатами на эту роль являются млекопитающие и птицы. По мнению Пауло Эдуардо Брандао, вирусолога из Университета Сан-Паулу, китайские учёные не предоставили доказательств того, что змеи могут заражаться новым коронавирусом и служат для него хозяином, в том числе поскольку нет надёжных доказательств наличия коронавирусов у хозяев, кроме млекопитающих и птиц. Цуй Цзе, вирусолог из Шанхайского института Пастера, входивший в группу, выявившую в 2017 году вирусы, связанные с атипичной пневмонией у летучих мышей, сообщает, что полевые работы после вспышки атипичной пневмонии в 2002—2003 годах обнаружили такие вирусы только у млекопитающих[источник?].

Другая группа китайских учёных предположила, что источником вируса 2019-nCoV являются летучие мыши, поскольку РНК образцов 2019-nCoV на 96 % совпала с РНК вируса, который ранее находили у азиатских подковоносов (лат. Rhinolophus affinis). Кроме того, коронавирус 2019-nCoV на 79,5 % похож на вирус атипичной пневмонии, эпидемия которой началась в Китае в 2002 году[58].

См. также

Примечания

  1. Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
  2. Communicable disease threats report, 9-15 February 2020, week 7. ECDC (10 февраля 2020).
  3. Wu et al., 2020.
  4. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (англ.). Taxonomy browser. NCBI.
  5. Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV) : Interim guidance v2 : [англ.]. — World Health Organization, 2020. — 15 January. — 1 p. — WHO/2019-nCoV/Surveillance/v2020.2.
  6. Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China : [англ.]. — CDC USA, 2020. — 23 January. — Дата обращения: 2020-01-23Коронавирусная инфекция COVID-19.
  7. CDC. 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) (неопр.). Centers for Disease Control and Prevention (11 февраля 2020). Дата обращения 17 февраля 2020.
  8. 1 2 CDC, Novel Coronavirus 2019 Situation Summary.
  9. Symptoms // 2019 Novel Coronavirus, Wuhan, China. — Centers For Disease Control and Prevention (CDC).
  10. Novel Coronavirus(2019-nCoV). Situation Report - 8. World Health Organization (20 января 2020).
  11. 1 2 Novel Coronavirus (2019-nCoV) advice for the public: Myth busters (англ.). World Health Organization. Дата обращения 30 января 2020.
  12. Prevention, Treatment of Novel Coronavirus (2019-nCoV) (англ.). CDC (29 January 2020). Дата обращения 29 января 2020.
  13. Novel Coronavirus(2019-nCoV) Situation Report - 11. World Health Organisation (31-01-2020).
  14. Novel Coronavirus(2019-nCoV) : Situation Report 13 : [англ.]. — World Health Organization, 2020. — 2 February. — 7 p.
  15. Воронин, Николай. Ученые: вакцина от атипичной пневмонии может остановить новый коронавирус.. — BBC, 2020. — 4 февраля.
  16. Novel Coronavirus (2019-nCoV) : Situation Report 7 : [англ.]. — World Health Organisation, 2020. — 27 January. — 5 p.
  17. 1 2 European Centre for Disease Prevention and Control, Third update, Novel coronavirus (2019-nCoV) infections, p. 2.
  18. Researcher clarifies reported 24-day incubation period for coronavirus. National Health Commission of the People's Republic of China (12.02.2020).
  19. European Centre for Disease Prevention and Control, Third update, ECDC risk assessment for the EU/EEA, General assessment, p. 3.
  20. Снять «корону»: в РФ создают тест для выявления «китайской» пневмонии.
  21. Transmission of Novel Coronavirus (2019-nCoV) (англ.). U. S. CDC (31 January 2020). Дата обращения 1 февраля 2020.
  22. Временные методические рекомендации. Минздрав России (29 января 2020).
  23. New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan : expert : [англ.] // News. — Xinhua. — Дата обращения: 09.01.2020.
  24. 1 2 WHO, Novel Coronavirus (2019-nCoV).
  25. 1 2 European Centre for Disease Prevention and Control, Event background, p. 2.
  26. 1 2 Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome (англ.). — 2020-01-23.
  27. Novel 2019 coronavirus genome (англ.)  (неопр.) ?. Virological (11 января 2020). Дата обращения 1 февраля 2020.
  28. 1 2 2019-nCoV Sequences (Wuhan coronavirus) (англ.). National Center for Biotechnology Information (USA). Дата обращения 1 февраля 2020.
  29. Genomic epidemiology of novel coronavirus (nCoV) using data generated by Fudan University, China CDC, Chinese Academy of Medical Sciences, Chinese Academy of Sciences, Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention and the Thai National Institute of Health shared via GISAID. nextstrain.org. Дата обращения 1 февраля 2020.
  30. Associated Press. China confirms human-to-human transmission of new coronavirus (англ.). CBC News (20 January 2020). Дата обращения 21 января 2020.
  31. WHO, Coronavirus.
  32. Questions and Answers on 2019novel-Coronavirus. Scientific expertise (англ.). OIE. World Organisation for Animal Health. Дата обращения 26 января 2020.
  33. Charles Calisher, Dennis Carroll, Rita Colwell, Ronald B Corley, Peter Daszak et al. Statement in support of the scientists, public health professionals, and medical professionals of China combatting COVID-19 (англ.) // The Lancet : Correspondence. — 2020. — 18 February. — doi:10.1016/S0140-6736(20)30418-9.
  34. 1 2 Qun Li, Xuhua Guan, Peng Wu, Xiaoye Wang, Lei Zhou. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia // New England Journal of Medicine. — 2020-01-29. — Т. 0, вып. 0. — С. null. — ISSN 0028-4793. — doi:10.1056/NEJMoa2001316.
  35. Zhao, Shi; Ran, Jinjun; Musa, Salihu Sabiu; Yang, Guangpu; Lou, Yijun; Gao, Daozhou; Yang, Lin; He, Daihai. Preliminary estimation of the basic reproduction number of novel coronavirus (англ.) // biorxiv. — 2019. — 24 января.
  36. JHU CSSE.
  37. European Centre for Disease Prevention and Control, Third update, Risk for travellers, importation and further spread in the EU/EEA, p. 4.
  38. Брифинг Татьяны Голиковой. Правительство РФ (31 января 2020).
  39. Александра Баландина. Второй пошел: Россия осталась без коронавируса. Газета.ru (12.02.2020). Дата обращения 14 февраля 2020.
  40. Временные методические рекомендации. Минздрав России. Министерство здравоохранения Российской Федерации (29.01.2020).
  41. {{Cite web 2| url=https://www.who.int/publications-detail/clinical-management-of-severe-acute-respiratory-infection-when-novel-coronavirus-(ncov)-infection-is-suspected |title=Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (nCoV) infection is suspected |date=2020-01-28
  42. Symptoms // 2019 Novel Coronavirus, Wuhan, China. — Centers For Disease Control and Prevention (CDC).
  43. Novel Coronavirus(2019-nCoV). Situation Report - 8. World Health Organization (20 января 2020).
  44. 1 2 Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses (англ.). nextstrain. Дата обращения 18 января 2020.
  45. Nextstrain.
  46. Redacción Cómo se compara el actual coronavirus con el SARS y qué aprendió China de la mortífera epidemia de hace 17 años (исп.). BBC News Mundo (25 de enero de 2020). Дата обращения 27 января 2020.
  47. 1 2 Xu, X. Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission : [англ.] / X. Xu, P. Chen, J. Wang … [et al.] // Science China Life Sciences : j. — doi:10.1007/s11427-020-1637-5. — PMID 32009228.
  48. Letko, Michael; Munster, Vincent. Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV (англ.) // BiorXiv : journal. — 2020. — 22 January. — P. 2020.01.22.915660. — doi:10.1101/2020.01.22.915660.
  49. Zhou, Peng; Shi, Zheng-Li. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin (англ.) // BiorXiv : journal. — 2020. — P. 2020.01.22.914952. — doi:10.1101/2020.01.22.914952.
  50. Gralinski, Lisa E. Return of the Coronavirus : 2019-nCoV : [англ.] / Lisa E. Gralinski, Vineet D. Menachery // Viruses. — 2020. — Vol. 12, no. 2 (24 January). — P. E135. — doi:10.3390/v12020135. — PMID 31991541.
  51. European Centre for Disease Prevention and Control, Novel coronavirus (2019-nCoV) infections, p. 8.
  52. Chaolin Huang, Yeming Wang, Xingwang Li, Lili Ren, Jianping Zhao. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China (англ.) // Lancet (London, England). — 2020-01-24. — 24 January. — ISSN 1474-547X. — doi:10.1016/S0140-6736(20)30183-5. — PMID 31986264.
  53. Chen, Nanshan. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China : a descriptive study : [англ.] / Nanshan Chen, Min Zhou, Xuan Dong … [et al.] // The Lancet. — 2020. — 30 January. — P. i. i. S0140-6736(20)30211-7. — ISSN 0140-6736. — doi:10.1016/S0140-6736(20)30211-7. — PMID 32007143.
  54. Ji et al., 2020.
  55. Лосева, Полина Китайский коронавирус оказался гибридом вирусов змеи и летучей мыши. N+1 (23 января 2020).
  56. Callaway & Cyranoski, 2020.
  57. Megan, Molteni Snakes?! The Slippery Truth of a Flawed Wuhan Virus Theory. One paper advanced a controversial theory about the disease's origin. Other scientists aren't biting. Wired! (23 января 2020).
  58. Zhou et al., 2020.

Литература

Ссылки